Vào tháng 2 năm 1959, Chủ tịch nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa Hồ Chí Minh đã đến thăm Indonesia, được đáp lại bằng chuyến thăm của Tổng thống Sukarno tới Việt Nam Dân chủ Cộng hòa vào tháng 6 cùng năm. Vào tháng 11 năm 1990, Tổng thống Suharto đã đến thăm Việt Nam. Vào tháng 4 năm 1994, Chủ tịch nước Lê Đức Anh đã đến thăm Indonesia. Tổng thống Indonesia Megawati Sukarnoputri đã đến thăm Hà Nội vào ngày 22 tháng 8 năm 2001, và cũng vào tháng 6 năm 2003, được đáp lại bởi Chủ tịch nước Trần Đức Lương thăm Jakarta vào tháng 11 năm 2001. Tổng thống Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono đã đến thăm Hà Nội vào ngày 28 tháng 5 năm 2005. Vào ngày 27 tháng 6 năm 2013, Chủ tịch nước Việt Nam Trương Tấn Sang đã đến thăm Indonesia và có một cuộc gọi lịch sự tới người đồng cấp Indonesia, ông Susilo Bambang Yudhoyono, để tăng cường quan hệ song phương và tăng cường hợp tác trong các lĩnh vực quan trọng cũng như đồng ý thiết lập quan hệ đối tác chiến lược.